Nous sommes en 2005, après les premiers évènements connus de Metal Gear Solid 2. Nous retrouvons ce cher Snake qui semble avoir encore du pain sur la planche. Mais contrairement au précédentes missions, il n'agira pas seul. Il sera accompagné de Pierre Leclerc (tireur d'élite français, descendant d'un haut-gradé connu, accro au jeu vidéo) et d'Elizabeth Laeken (femme soldat ayant souvent des conflits avec ses supérieurs), leurs ordres viennent directement de Harrison Bishop (fils du Sénateur évoqué ci-dessous). Leur mission: Trouver le sénateur Abraham Bishop, le ramener et savoir où se trouve les Metal Gears afin de les détruire. Ce film est le premier chapitre de la trilogie, "The Overnight Nation".