Spider-Man, Iron Man, Thor et Hulk entrent à Danville après que la machine à voyager dans les dimensions du Dr Doofenshmirtz crée un problème dans l’espace, ce qui supprime accidentellement leurs pouvoirs et les rendent humains. Phinéas et Ferb vont devoir les aider pour que leurs pouvoirs reviennent et qu'ils combattent Crâne rouge, Blacklash, Venom et MODOK.